特別清算手続のおおまかな流れ（一例）は，以下の通りです。
特別清算の申立 申立できるのは，債権者・清算人・監査役・株主です。
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裁判所による特別清算開始命令
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第１回債権者集会 清算人による，清算株式会社の業務・財産の状況調査結果・財産目録等の要旨報告，清算の実行の方針・見込みに関する意見陳述
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協定申出 清算株式会社による，債権者集会に対する協定の申出。
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第２回債権者集会 協定案の可決。協定案の可決には，出席した議決権者の過半数かつ議決権者の議決権の総額の３分の２以上の議決権を有する者の同意が必要です。
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協定の認可決定又は不認可決定
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債務の弁済 協定の認可決定が確定後，当該協定に従って弁済が行われます。
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特別清算終結決定